Rijk en provincies krijgen bevoegdheden toebedeeld die volgens de Grondwet bij de gemeenten thuishoren. De Wabo tast daarmee de autonomie van gemeenten aan. Volgens de senaat wijken de bestuurlijke verhoudingen in de Wabo af van ‘alle bestaande wetgeving en ontwerp-wetgeving’.
De kritiek van de Eerste Kamer vertraagt mogelijk de invoering van de wet. CDA-senator Eric Janse de Jonge verwacht dat de Wabo pas in 2011 wordt ingevoerd. De planning is 2009.